做无痛肠镜和无痛胃镜通常不用间隔，做完无痛肠镜后，麻醉剂还未消散，即刻就可以做无痛胃镜，避免再次注射麻醉剂。由于肠镜是将内窥镜从肛门塞入到肠道进行检查，胃镜通常是将内窥镜从口部插入到胃部进行检查，并且肠镜和胃镜的痛感都是普通人难以承受的，在做完无痛肠镜或无痛胃镜后，患者通常是处于静脉麻醉状态，此时就可以做下一项内窥镜检查，如果间隔时间较久，麻醉剂效已过，再做无痛内窥镜时就要再次注射麻醉剂，因此做无痛肠镜和无痛胃镜通常不用间隔。
在做无痛肠镜和无痛胃镜前一天要进食半流质易消化的食物。在检查前8个小时应禁食，检查前4个小时应禁水，并且应在医生的指导下服用泻剂，用于清除体内残留物，便于后续检查。检查中患者应注意避免扭动头部，吞咽口水等动作出现，以免内窥镜伤害胃肠道黏膜。