通常情况下，长期食用蔓越莓益生菌的副作用是可能会导致胃肠功能不作用，出现胃肠功能紊乱的症状，尤其女性可能还会出现卵巢早衰、月经紊乱等现象，男性可能会出现肠道菌群失衡、前列腺功能异常等现象，经常食用蔓越莓益生菌，还可能会出现在停食后便秘、消化不良等副作用，因此在食用蔓越莓益生菌时，要注意在医生的指导下正确食用，避免食用不当对身体造成不利影响。
蔓越莓益生菌是一种益生菌类的产品，其主要成分是麦芽糊精、乳酸菌、蔓越莓粉、菊粉等，通常可以促进胃肠道的蠕动、提高胃肠道抗病能力、调节内分泌、改善皮肤状态。在日常饮食上可以多吃一些酸奶、新鲜的水果和蔬菜，比如苹果、菠菜等，还可以多吃一些可溶性膳食纤维类的食物，比如洋葱、大蒜、香蕉、西红柿等食物，可以增加肠道益生菌。