通常情况下甲硝唑和替硝唑都是较为不错的抗厌氧菌药物，均属于硝基咪唑类抗菌药的衍生物。由于患者的病因与症状不相同，在用药上也会存在差异，具体如何用药需要听从医生的建议，不可擅自购买服用，以免对身体造成损伤，不利于疾病的恢复，在服用药物期间还应尽量避免辛辣、刺激的食物，例如辣椒、火锅、麻辣烫等。
甲硝唑的毒性较小，而且疗效比较高，口服较为方便，能够有效杀灭滴虫，而且还能抗厌氧菌，对于细菌和原虫都有一定的干扰作用，能够抑制核酸的形成，临床上甲硝唑是治疗滴虫性阴道炎的首用药物。
替硝唑的主要功效是控制厌氧菌感染，对于骨髓炎和肺支气管炎等病症有一定的治疗作用，而且还能抑制阿米巴虫和滴虫的活性，临床上替硝唑主要可用于治疗呼吸道感染疾病。