通常情况下，复方酮康唑洗头发副作用不大。一般情况没有什么副作用，可能少数的患者偶尔会出现瘙痒、潮红、烧灼感以及头发干燥、变色等，如果患者出现了这些症状，应立即停止使用，并且将洗剂洗净。需要注意的是，如果患者长期用药，可能会引起患者出现肾上腺皮质功能亢进，所以如果连续超过一段时间，应咨询医生，在医生的指导下更换。
复方酮康唑中含有的酮康唑为广谱抗真菌的药物，对于皮肤的念珠菌、皮肤癣菌等多种真菌，能达到抑菌、杀菌的作用，可以用于治疗脂溢性皮炎、头皮糠疹以及花斑癣等，能够迅速缓解疾病导致的皮肤瘙痒以及脱屑等。此外复方酮康唑洗剂中含有的另一个成分丙酸氯倍他索，是糖皮质激素类的药物，具有较强的抗过敏、抗炎作用，两种药物合并使用，能够提高药物的药效。