三岁孩子发烧39.5℃是有一定危险的，可能是由于孩子的神经系统发育不够完善，高热造成孩子出现惊厥的症状，不利于孩子的大脑发育。一般可以采取物理降温、药物退烧以及静脉注射的方式进行治疗，治疗期间还应给孩子多饮用一些温水，以促进体内循环代谢，有利于疾病的恢复。
1、物理降温。如果孩子出现发烧的症状，家长可以使用退热贴贴在孩子额头，也可以使用温热的湿毛巾擦拭孩子额头、腋下、腹股沟等毛细血管密集的部位，能够促进身体散热，有利于体温下降。
2、药物退烧。如果孩子使用物理降温后，体温没有得到有效控制，也可以在医生的指导下使用对乙酰氨基酚泡腾颗粒、布洛芬缓释混悬液等药物进行退烧处理，以缓解孩子发烧的症状。
3、静脉注射。如果采取物理降温以及药物退烧后，孩子发烧39.5℃的症状没有得到有效改善，则可以在专业医生的操作下，使用复方氨林巴比妥注射液、注射用赖氨匹林等静脉注射的退烧药物进行治疗。