遇善恩亚麻酸微囊粉的副作用有恶心、呕吐、胃肠不适、凝血功能异常、胎儿发育不良等。遇善恩亚麻酸微囊粉是一种为胎儿发育补充营养物质的保健品，其主要有效成分亚麻酸是构成人体组织细胞的主要成分，在体内能合成、代谢，再转化为机体所必需的生命活性因子DHA、EPA，以帮助胎儿大脑发育。
遇善恩亚麻酸微囊粉适合营养不足的孕妇使用，通常人体是缺乏亚麻酸的，适当地补充额外的亚麻酸能够缓解孕妇和胎儿的营养不足问题。但是，孕妇不能够过量使用遇善恩亚麻酸微囊粉来补充亚麻酸，过量使用会引起各种不良反应，其中较为严重的是亚麻酸过量引起的胎儿发育迟缓。同时，建议孕妇多考虑从食物中摄入亚麻酸，如深海鱼、核桃、鸡蛋、牛奶等。