肠道是人体内最大的微生物环境，有超过100种细菌在肠道内生活，影响消化和过敏反应，因此也被称为“第二大脑”。但这些组成“第二大脑”的微生物，可能会影响真正的大脑，实现“肉体控制精神”的反攻。
肠道菌与自闭症、抑郁症
长期以来，研究人员发现，大多数自闭症患者都有某些胃肠功能异常，如消化不良或食物过敏等，并且自闭症患者的肠道菌群与对照组存在显著差异。这促使科学家们进一步研究肠道微生物与自闭症的潜在关系。
加州理工学院的微生物学家将从人体肠道中提取的脆弱拟杆菌饲喂给有自闭症症状的小鼠，结果发现它们的焦虑程度降低，与其他小鼠的互动性增加。之后，马兹曼尼亚又确定自闭症的发生可能与肠道菌产生的4-乙基苯酚硫酸盐(4EPS)有关。有自闭症症状的小鼠，血液中4EPS的水平要比普通小鼠高40多倍。
此外，科学家们也发现肠道菌群能影响焦虑和抑郁。现已有证据证明，乳杆菌属和双歧杆菌属的两种细菌能减少小鼠的焦虑样行为，并减少与压力相关的激素分泌水平。
肠道菌可作精神药物?
肠道菌群影响大脑的机制还不明确，但可以确定的是，肠道细菌能产生与情绪调节相关的某些神经递质(如多巴胺、5-羟色胺等)，从而影响人的心情或愉悦或低落。
在婴儿出生的1周至1个月，肠道菌群逐渐形成，在成长中免疫系统学会识别哪些细菌是身体的正常居住者，哪些是侵入者。而从宏观来看，细菌在人体内已经存在了几百万年，在其不断的进化过程中，足以有一部分发展出了影响宿主行为的方式。这些长久伴随人类的细菌，可能比药物更了解人类身体的需要。有朝一日，这些微生物或许可以在疾病治疗上发挥作用，并且比药物治疗更加精确。