治疗脸部扁平疣最好的方法可以通过选择药物治疗法以及冷冻法和激光治疗，都可以起到治疗疾病作用。但是在治疗前需要按照医生指导进行检查或者到正规的皮肤科医院进行身体健康检测，根据检测结果，按照医生指导选择治疗方法。如果属于严重的情况，可以通过选择一些激光法进行治疗，或者选择手术切除。