吃了地衣芽孢杆菌活菌胶囊大便变黑可能是药物作用，在停止用药以后可能会逐渐的消失，如果长时间出现大便发黑，可能是由于消化道出血，需要到医院进行大便常规检查。地衣芽孢杆菌活菌胶囊在用完以后可以治疗肠道感染，比如急性肠炎或者慢性肠炎，减少大便次数增多。