黑果腺肋花楸果的副作用包括中毒、过敏反应、影响药效、影响胎儿发育。中毒反应可能包括恶心、呕吐、腹泻等；过敏反应可能导致皮肤瘙痒、红斑、呼吸困难等；与某些药物同用可能影响药物吸收和药效；且其毒性成分可能对胎儿产生不良影响，因此不建议孕妇和哺乳期妇女食用。