经颅磁治疗相对安全，但也可能出现一些副作用和危害。常见的副作用包括头晕和记忆力下降，这些症状可能在接受治疗后出现。此外，经颅磁治疗所释放出的频率刺激可能会引发癫痫，因此癫痫病史者禁用。为确保安全，治疗应在正规医院进行，以避免不可预知的风险。