肠功能紊乱的治疗主要包括饮食调理，如保持饮食清淡，避免难消化及刺激性强的食物，并规律饮食。同时，应纠正不良生活习惯，如规律作息，避免熬夜，适度进行体育锻炼，避免久坐久卧。在药物治疗方面，可以应用益生菌类药物如乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌等进行调理，有助于改善肠道功能紊乱、增进胃肠功能。若存在基础疾病，如胃十二指肠溃疡等，还应针对原发病进行治疗。所有药物均需在医生指导下使用，患者应及时就医，以医生指导为准。