低度风险的胃间质瘤一般可以根治，且存活时间与正常人无异，而中、高风险的胃间质瘤通过手术和靶向治疗，虽无法根治，但积极治疗后5年生存率也可达到50%以上。因此，胃间质瘤的治愈情况与风险等级有关，部分可以根治，部分虽无法根治但可长期控制。