法洛四联症病因可能是遗传因素或环境因素造成。由于在妊娠期，比如前三个月是感染病毒法洛四联危险期，可能会造成患者圆锥发育不良或右心室漏斗部位发育异常，也可能会存在一定的家族因素，比如父母生殖细胞以及染色体畸形引起。环境因素通常指的是柯萨奇病毒或风疹病毒引起。