肝内胆管结石一般会疼，但需要根据结石的大小判断。如果肝内管结石体积较大，通常会堵塞肝内胆管，从而导致胆管发炎，并且还会出现黄疸、疼痛情况，比如会出现背痛、肝区痛、上腹痛等现象，若不及时采取治疗措施，甚至还会增加癌变的风险。若肝内胆管结石体积较小，身体不会出现明显的不适症状，可能不疼。