新生儿太阳穴凹陷有可能是缺钙或是骨骼发育不良等多种的原因导致。新生儿在腹腔内缺钙的情况下，有可能会导致太阳穴局部出现凹陷和凹凸不平的不良症状。新生儿太阳穴存在发育不良情况下，也可能会存在凹陷的不良反应。需要进一步的完善体格等相关检查，可以根据原因针对性的治疗。