儿子手大拇指杵状指是什么原因导致的呢？

这并没有什么特别的原因，小孩子的话主要还是考虑与发育有关。推荐去医院做一次检查，如果确实与发育有关，那就没有什么好办法了，如果发现骨头有病变或其它问题，就可以及时治疗。