做阴茎延长术的后遗症是可能会影响到性功能，而且还有可能会影响到生育能力。阴茎延长手术一般对于阴茎短小能够起到改善的作用，但是手术也具有一定的风险性，如果手术操作不当可能会留下后遗症，比如性功能障碍，甚至会影响到生育能力，因此还需要慎重选择。