新生儿先天性黑色素痣可以通过激光治疗，也可以通过手术的方式进行治疗，主要根据黑色素痣大小情况决定。
1、激光治疗
新生儿先天性黑色素痣，主要是黑色素堆积的因素所引起，如果黑色素痣比较小，并不会产生特殊的症状，可以密切的观察，等到孩子长大一点，到正规的医疗机构皮肤科，通过激光的方式进行治疗，利用光热的效应，可以把皮肤上面的黑色素颗粒尽快的分解掉，然后通过新陈代谢排出体外，就能达到比较好的去除先天性黑色素痣效果。
2、手术的方式进行治疗
新生儿先天性黑色素痣，随着时间的增长，很可能就会导致黑色素痣越来越大，可能还会对皮肤的美观度造成很大的影响，有可能还需要到医疗机构皮肤科通过手术的方式进行切除，就能达到比较好的治疗效果。
经过治疗之后，需要做好皮肤的清洁以及护理工作，减少皮肤组织受到不良的刺激，要避免让皮肤接触水分，以免导致皮肤的组织产生感染的风险，很可能就会导致皮肤上面产生明显疼痛和灼烧的症状。