眼睛睫毛根部长小水泡可以通过红霉素眼膏、阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星滴眼液等药物进行治疗。
1、红霉素眼膏：刚在涂抹红霉素眼膏的时候，需要在医生的指导下来涂用，因为睫毛根部长小水泡，如果涂抹不当，有可能会导致眼睛的部位受到损伤，涂抹红霉素眼膏之后，能够对透明的小水泡，起到治疗抑制感染的作用，引起这种症状有可能是因为糖尿病的原因所引起。
2、阿莫西林胶囊：阿莫西林胶囊通常有消炎的作用，在服用之后可以有效的对眼睛睫毛部长小水泡的症状起到治疗的作用，出现这种症状，有可能是因为岩板剪开口堵塞形成栓子，导致揉搓之后炎症所引起。
3、盐酸左氧氟沙星滴眼液：再通过这种药物治疗之后，可以有效的起到消炎的作用可以有效的对，因为炎症所引起的睫毛部位长小水泡的症状起到治疗的作用。