睫毛根部长透明小水泡可能是蚊虫叮咬、皮肤过敏、湿疹等原因导致的，需要尽快去医院的皮肤科就诊。
1、蚊虫叮咬
受到蚊虫叮咬之后，可能会导致局部变态反应的发生，不仅会长小水泡，还有可能会引起瘙痒。可以通过冷敷的方式改善，不要用力抓挠。
2、皮肤过敏
如果使用了劣质的眼妆，可能会导致过敏反应的发生，引起长水泡和红斑。可以听从医生的指导使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片或马来酸氯苯那敏片等药物治疗。
3、湿疹
可能是皮肤屏障功能受损导致的，在于局部皮肤的表面出现粟米大小的丘疹，还有可能会引起液体渗出和结痂。可以听从医生的指导使用曲安奈德益康唑乳膏、马来酸氯苯那敏片或莫匹罗星软膏等药物治疗。
除此之外，还有可能与睑腺炎、霰粒肿和翼状胬肉等原因有关，可以去医院的眼科或者是皮肤科进行相应的检查。