性别认知障碍是指心理上无法认同自己的生理性别，认为自己应该是另一个性别，这是一种心理疾病。
性别认知障碍是自我意识障碍的一种，也是一种心理异常，称为性别错位症，可能是大脑皮质破坏、激素异常等原因导致，同时跟分离焦虑因素有一定的关系，会表现对另一个性别、厌恶自己的生殖器、喜欢异性的服装等，需要及时到医院，通过心理疏导的方式改善，如果病情比较严重，需要在医生的指导下使用盐酸舍曲林片、盐酸帕罗西汀片、氯硝西泮片等药物进行治疗。
在患病期间养成良好的生活习惯，定期到医院复查，通过复查能够观察到病情的恢复情况，也能根据复查结果做调整。