吞口水时一侧耳朵疼可能是由于耳咽管功能异常、耳部感染或颞下颌关节紊乱等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.耳咽管功能异常：耳咽管是连接中耳和鼻咽部的通道，当其功能受损时，可能导致中耳压力变化，引起耳朵疼痛。治疗方法包括鼻腔滴药如生理盐水、抗生素滴耳液如氧氟沙星滴耳液和口服药物如阿莫西林克拉维酸钾分散片，应在医生指导下使用。
2.耳部感染：耳部感染如中耳炎或外耳道炎，可能导致耳痛。治疗通常需要抗生素治疗，如阿莫西林、头孢克洛和罗红霉素，同时保持耳部清洁干燥，避免水进入耳朵。
3.颞下颌关节紊乱：颞下颌关节紊乱可能导致咀嚼或吞咽时耳朵疼痛。治疗方法包括物理治疗、药物治疗如非甾体抗炎药布洛芬、吲哚美辛和肌肉松弛剂如氯唑沙宗，以及必要时的手术治疗。
除以上原因外，还可能与耳垢积累、耳部外伤等因素有关。日常生活中应注意耳部卫生，避免用棉签等物品插入耳道，如有不适应及时就医。