指甲盖凹凸不平有小坑可能是营养不良、外伤或真菌感染等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.营养不良：指甲凹凸不平可能是由于缺乏维生素A、维生素C或锌等微量元素造成的。治疗方法包括补充相应的维生素和微量元素，如口服维生素A软胶囊、维生素C片和锌片。
2.外伤：指甲受到外力撞击或压迫，可能导致指甲盖出现凹凸不平的现象。这种情况下，一般不需要特殊治疗，随着指甲的生长，受损部分会逐渐被新长出的指甲替代。
3.真菌感染：指甲凹凸不平也可能是由真菌感染引起的，如甲癣。治疗方法包括使用抗真菌药物，如酮康唑乳膏、特比萘芬喷雾剂和伊曲康唑胶囊等，应在医生指导下使用。
除以上原因外，还可能与长期接触化学物质、慢性疾病等因素有关。建议保持指甲清洁干燥，避免长时间浸泡在水中，定期修剪指甲，避免使用刺激性强的化学物质。如症状持续不改善，应及时就医，以免延误病情。