发烧时两条小腿疼痛可能是肌肉疲劳、脱水或感染等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.肌肉疲劳：发烧时身体消耗能量较大，如果之前有过度运动，可能导致肌肉疲劳，出现小腿疼痛。此时应适当休息，避免过度运动，可以服用布洛芬、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物缓解疼痛。
2.脱水：发烧时身体出汗较多，容易出现脱水症状，导致电解质紊乱，引起肌肉痉挛和疼痛。此时应多喝水，补充电解质，可以服用口服补液盐、氯化钾等药物缓解症状。
3.感染：发烧可能是由病毒或细菌感染引起的，如果感染波及到肌肉，也可能导致小腿疼痛。此时应使用抗生素或抗病毒药物进行治疗，如阿莫西林、阿昔洛韦等，同时注意观察病情变化，必要时住院治疗。
除以上原因外，小腿疼痛还可能与缺乏维生素D、甲状腺功能异常等因素有关。平时应注意均衡饮食，补充维生素D和钙，定期体检，发现异常及时就医。