羊水穿刺通常被认为是一种相对安全的产前诊断程序，但任何医疗程序都存在一定的风险。虽然并发症的发生率较低，但可能包括感染、流产、羊水泄漏或胎儿损伤。流产的风险大约在0.5%左右。
在进行羊水穿刺时，医生会使用超声引导确保针头准确无误地进入羊膜囊，从而降低风险。尽管如此，任何侵入性操作都可能带来一定的风险。轻微的不适和短暂的宫缩是常见的，但大多数情况下不会对母亲或胎儿造成长期影响。然而，个别情况下，可能会出现较为严重的并发症，如感染或流产，尽管这种情况相对罕见。
对于考虑进行羊水穿刺的孕妇，重要的是与医生充分沟通，了解所有可能的风险和好处。医生会根据孕妇的具体情况和需求，提供个性化的建议。如果决定进行羊水穿刺，应在医生的指导下进行，并遵循所有相关的医疗指导。在任何情况下，都不应自行决定进行此类操作，而应由专业医疗人员在适当的医疗环境中执行。