发烧时全身疼痛，特别是腰部，可能是由于以下原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.感染：细菌或病毒感染是导致发烧和全身疼痛的常见原因。例如，流感病毒或肺炎链球菌感染可以引起发烧和肌肉疼痛。在医生指导下，可以使用抗生素如阿莫西林、头孢克洛或阿奇霉素来治疗细菌感染。
2.自身免疫性疾病：如风湿性关节炎或系统性红斑狼疮等，这些疾病可能导致发烧和全身疼痛。治疗通常包括非甾体抗炎药（NSAIDs）如布洛芬、消炎痛等，以及可能的免疫抑制剂。
3.肾脏疾病：如急性肾炎或肾结石，这些疾病可能导致发烧和腰部疼痛。治疗可能包括止痛药如对乙酰氨基酚、非甾体抗炎药或在严重情况下可能需要抗生素治疗。
除以上原因外，还可能与脱水、过度疲劳等因素有关。在发烧时，应保持充足的水分摄入，适当休息，并在症状持续或加重时及时就医。