通常，石菖蒲被认为是一种安全的草药，但过量使用或不当使用时可能会产生毒性。石菖蒲含有挥发油、生物碱等成分，这些成分在适量使用时具有镇静、抗炎等作用，但过量摄入可能会引起恶心、呕吐、腹痛等不良反应。
石菖蒲的毒性主要取决于剂量和个体差异。例如，石菖蒲挥发油中的石菖蒲酮、石菖蒲醇等成分在高剂量下可能对中枢神经系统产生抑制作用。此外，石菖蒲中的生物碱如石菖蒲碱、石菖蒲宁等成分在过量摄入时也可能引起毒性反应。因此，在使用石菖蒲时，应在医生指导下严格控制剂量，避免长期大剂量使用。
在使用石菖蒲时，应注意观察身体反应，如出现不适症状，应立即停药并就医。同时，孕妇、哺乳期妇女、儿童等特殊人群应慎用石菖蒲，以免影响健康。