冲牙器通常不能代替牙刷。虽然冲牙器可以有效地清除牙缝中的食物残渣和细菌，但它无法像牙刷那样清除牙齿表面的牙菌斑。牙菌斑是导致蛀牙和牙周病的主要原因。
牙刷通过物理摩擦可以清除牙齿表面的牙菌斑，而冲牙器则主要通过水流的冲击来清洁牙缝。两者在清洁牙齿方面各有侧重，但不能完全替代彼此。例如，氟化牙膏中的氟化物可以增强牙齿的抗腐蚀能力，而漱口水则有助于减少口腔中的细菌数量。在使用冲牙器的同时，还应配合使用含氟牙膏、抗菌漱口水等口腔护理产品，以全面维护口腔健康。
为了保持口腔卫生，建议每天至少刷牙两次，并定期使用冲牙器辅助清洁。同时，定期到牙医处进行检查和专业清洁也是非常重要的。