通常，胸腺肽的副作用相对较小，但也可能因个体差异而异。一些常见的轻微副作用包括注射部位的疼痛、红肿或硬结，这些通常在注射后不久出现，并且多数情况下会在数小时内自行缓解。较为罕见的副作用可能包括发热、乏力或过敏反应，如皮疹或呼吸困难。在极少数情况下，患者可能会出现严重的副作用，如过敏性休克，但这极为罕见。
在使用胸腺肽时，患者应密切注意身体反应，尤其是注射后立即出现的任何不适。如果出现轻微的副作用，通常不需要特殊处理，但如果副作用持续或加重，应及时就医。对于任何药物，包括胸腺肽，都应在医生指导下使用，不可自行盲目用药。如果出现严重副作用，应立即寻求医疗帮助。