通常，复方血栓通胶囊作为一种中成药，其副作用相对较小。但是，任何含有活血化瘀成分的药物都有可能引发一些不良反应，如头晕、恶心、腹痛、腹泻等。这些症状通常较为轻微，且在停药后可自行缓解。此外，个别患者可能会出现过敏反应，如皮疹、瘙痒等。
在使用复方血栓通胶囊时，患者应严格按照医生的指导进行用药，不可自行增减剂量或延长用药时间。同时，要注意观察身体反应，一旦出现不适症状，应及时就医。对于有出血倾向的患者，应在医生指导下谨慎使用。此外，孕妇、哺乳期妇女以及儿童等特殊人群在使用前应咨询医生意见。
患者在使用复方血栓通胶囊时，应遵循医嘱，注意观察身体反应。如出现不适，应及时就医，以免延误病情。