通常，粪便移植主要用于治疗某些特定类型的肠道感染和疾病，如复发性艰难梭菌感染。这种感染可能导致严重的腹泻和肠道炎症。
粪便移植通过将健康捐赠者的粪便微生物移植到患者肠道中，以恢复肠道微生物群的平衡。这种治疗方法在传统抗生素治疗无效时尤其有用。除了艰难梭菌感染，粪便移植也被研究用于治疗其他肠道疾病，如炎症性肠病，尽管其效果和安全性仍在评估中。此外，粪便移植可能对某些代谢性疾病和神经系统疾病有潜在的治疗效果，但这些应用仍处于初步研究阶段。
对于考虑粪便移植的患者，重要的是在医生的指导下进行，因为这种治疗涉及严格的筛选和准备过程。患者应遵循医生的建议，并在治疗前后进行适当的监测。此外，患者应了解可能的风险和副作用，并在出现任何异常症状时及时就医。