六神曲和建神曲的功效并不完全相同。通常，六神曲主要用于消食化积，适用于消化不良、食滞等症状；而建神曲则偏重于健脾开胃，适用于脾胃虚弱、食欲不振等情况。
六神曲含有神曲、山楂、麦芽等成分，能够促进消化液分泌，帮助食物分解，适用于饮食积滞引起的腹胀、消化不良。建神曲则含有神曲、陈皮、白术等成分，具有健脾益气、燥湿化痰的作用，适合于脾胃虚弱引起的食欲不振、消化不良。在使用时，如保和丸、健脾丸、六味地黄丸等药物，都含有神曲成分，应在医生指导下根据具体症状选择适合的药物，并遵医嘱用药。
在选择六神曲或建神曲时，应根据个人的具体症状和体质差异，咨询医生建议，选择合适的药物进行治疗。