芽孢杆菌通常在人体肠道中起到有益的作用。它们是肠道微生物群落的一部分，有助于维持肠道健康和平衡。这些微生物通过发酵食物残渣产生短链脂肪酸，对肠道健康至关重要。
芽孢杆菌的作用包括促进肠道蠕动、增强免疫功能以及抑制有害细菌的生长。它们通过竞争性排斥机制，阻止病原菌附着在肠道上皮细胞上，从而减少感染的风险。此外，芽孢杆菌还能帮助分解难以消化的膳食纤维，产生能量并提供营养给宿主。它们还参与合成某些维生素，如维生素K和一些B族维生素，对人体健康同样重要。
针对肠道健康，日常建议包括均衡饮食，摄入足够的膳食纤维，以及保持适量的身体活动。如果出现持续的肠道不适或症状，应及时就医，在医生指导下进行诊断和治疗，不可自行盲目用药。