在光镜下区分巨噬细胞和肥大细胞，通常可以通过观察细胞的形态特征和细胞内含物来进行。巨噬细胞一般体积较大，呈圆形或椭圆形，细胞质丰富，含有许多溶酶体和吞噬泡，而肥大细胞则体积较小，呈圆形，细胞质中含有大量的粗面内质网和分泌颗粒。
巨噬细胞的细胞核通常较小，位于细胞中央，而肥大细胞的细胞核较大，常位于细胞一侧。肥大细胞的细胞质中含有丰富的嗜碱性颗粒，这些颗粒含有组胺等生物活性物质，而巨噬细胞则没有这种特征性的颗粒。通过对比这些特征，可以在光镜下较为准确地区分巨噬细胞和肥大细胞。
对于识别细胞类型，除了显微镜观察外，了解相关病理学知识也很重要。在实际诊断过程中，应结合临床症状和实验室检查结果，综合判断。若遇到难以区分的情况，应及时咨询专业医生，并在医生指导下进行进一步的检查和治疗。