巧克力囊肿手术的价格一般在5000元到20000元之间，但具体费用可能受到手术难度、医院级别、患者个体差异等多种因素的影响，所以无法一概而论。
手术费用的高低与手术过程中使用的医疗器械、耗材、麻醉费用以及术后恢复治疗等有关。此外，医生的技术水平和经验也会影响手术费用，高水平的医生往往能够提供更安全、更有效的治疗方案，但相应的费用也会更高。患者自身的健康状况和术后恢复情况也会影响总费用，比如需要额外治疗或延长住院时间的情况。
在选择进行巧克力囊肿手术时，建议患者综合考虑医院的设施、医生的专业水平和个人经济状况，选择适合自己的治疗方案，并与医生充分沟通，了解手术的具体费用和可能的风险。