大便时肛门疼痛可能是便秘、肛裂或痔疮等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 便秘：便秘时大便干硬，排便困难，容易导致肛门疼痛。治疗便秘可使用开塞露、乳果糖口服溶液和聚乙二醇4000散等药物，应在医生指导下用药。
2. 肛裂：大便时肛门疼痛伴有鲜血，可能是肛裂所致。治疗肛裂可使用复方角菜酸酯栓、硝酸甘油软膏和双氯芬酸钠栓等药物，同时保持大便通畅，遵医嘱用药。
3. 痔疮：内痔脱出或外痔炎症时，排便时肛门疼痛明显。治疗痔疮可使用马应龙麝香痔疮膏、复方消痔栓和地奥司明片等药物，必要时需手术治疗，应在医生指导下用药。
除以上原因外，还可能与肛周脓肿、肛瘘等因素有关。平时应多吃蔬菜水果，保持大便通畅，避免久坐，如症状持续应及时就医。