经颅磁治疗通常被认为是安全的，但和所有医疗程序一样，它也可能有一些副作用。轻微的不适可能包括头皮的轻微刺痛感或者治疗区域的短暂不适。较为罕见且严重的副作用可能包括头痛、恶心或者局部皮肤红肿。在极少数情况下，可能会有癫痫发作的风险，尤其是在有癫痫史的患者中。
经颅磁治疗的副作用通常与治疗的强度和持续时间有关。大多数副作用都是轻微和暂时的，随着治疗的结束而消失。然而，如果出现严重或持续的不适，应及时通知医生。医生会评估症状，并可能调整治疗方案或采取其他必要的医疗措施。
对于经颅磁治疗，重要的是遵循医生的指导，并在治疗过程中及时沟通任何不适。如果有任何疑问或担忧，应及时咨询医生。在治疗过程中，遵医嘱用药是非常重要的，不可自行盲目用药。