牙根部挨着肉有窟窿可能是牙周病或牙齿龋坏引起的，一般需根据具体情况进行选择治疗。治疗方法主要有生活调理、物理治疗和药物治疗等。
1. 生活调理首先要注意口腔卫生，每天早晚刷牙，饭后漱口，减少食物残渣在牙根部的堆积。同时，要避免吃过硬、过热、过冷的食物，以免刺激牙根部的窟窿部位，加重病情。
2. 物理治疗如果牙根部的窟窿较浅，可以考虑进行牙齿抛光、喷砂等物理治疗，去除牙菌斑和牙结石，减轻牙周炎症。同时，定期进行牙周洁治，可以有效预防牙周病的发生。
3. 药物治疗对于牙周病引起的牙根部窟窿，可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑等抗菌药物，抑制牙周致病菌的生长。同时，可以使用复方氯己定含漱液、碘甘油等外用药物，减轻炎症，促进牙周组织修复。
如果牙根部的窟窿较深，影响牙齿功能，建议及时就医，必要时可能需要进行牙齿充填、根管治疗等手术干预。平时要注意保护牙齿，定期进行口腔检查，早发现早治疗。