通常，卵巢巧克力囊肿不一定需要手术治疗。治疗方法取决于囊肿的大小、症状、患者的年龄以及生育计划等因素。对于小囊肿且无症状的患者，可能首选观察和药物治疗。
囊肿较大或症状明显时，可能需要考虑手术。药物治疗方面，常用的药物包括口服避孕药、促性腺激素释放激素类似物（GnRHa）和非甾体抗炎药（NSAIDs）。这些药物可以在医生指导下使用，以减轻症状和控制囊肿发展。例如，口服避孕药如炔诺酮、GnRHa如醋酸亮丙瑞林和NSAIDs如布洛芬，均应在医生指导下使用。
在选择治疗方案时，应与医生充分沟通，根据个人情况制定最适合的治疗方案。