感染科通常处理由细菌、病毒、寄生虫等微生物引起的疾病。这些疾病包括但不限于常见的感冒、流感，以及较为严重的肺炎、脑膜炎等。
感染科涉及的疾病范围广泛，从轻微的上呼吸道感染到严重的系统性感染，如败血症。常见的有急性胃肠炎、尿路感染等，而较为少见的则包括某些特定病原体引起的感染，比如由特定病毒引起的出血热。感染科医生会根据病原体类型、感染部位和患者病情，采取相应的治疗措施。
对于感染科疾病，日常建议保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、避免与患者密切接触。就医时，应在医生指导下用药，不可自行盲目用药，以免延误病情或产生抗药性。