阴茎根部疼痛可能是由于局部摩擦、感染性疾病或者生殖器官疾病等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 局部摩擦：长时间穿着紧身衣物或不当的性行为可能导致阴茎根部皮肤受到摩擦，产生疼痛感。这种情况下，更换宽松舒适的内衣裤并减少摩擦可以缓解症状。
2. 感染性疾病：尿道炎、前列腺炎等泌尿系统感染可能导致阴茎根部疼痛。治疗时可使用抗生素如头孢克肟颗粒、左氧氟沙星和阿奇霉素等药物，应在医生指导下用药。
3. 生殖器官疾病：生殖器疱疹、尖锐湿疣等性传播疾病也可能导致阴茎根部疼痛。治疗时可使用阿昔洛韦、干扰素和喷昔洛韦等抗病毒药物，遵医嘱用药。
除以上原因外，还可能与外伤、肿瘤等因素有关。日常生活中应保持生殖器官清洁卫生，避免不安全性行为，出现疼痛应及时就医检查。