男性精子畸形率98%的治疗方法主要有生活调理、物理治疗和药物治疗等，一般需根据具体情况进行选择。精子畸形率高可能是由于生殖系统感染、不良生活习惯或遗传因素等原因引起的，通常需要针对具体原因进行处理。
1. 生活调理：首先需要改善生活习惯，戒烟戒酒，避免高温环境和辐射，保持良好的作息时间。同时，增加富含抗氧化剂的食物摄入，如维生素C、维生素E和硒等，有助于提高精子质量。
2. 物理治疗：对于部分患者，可以采用物理治疗，如电磁波治疗、超声波治疗等，以改善局部血液循环，促进精子生成。
3. 药物治疗：在医生指导下，可以使用一些药物来改善精子质量，如左旋肉碱、精氨酸和锌制剂等。这些药物有助于提高精子活力和形态，降低畸形率。同时，针对生殖系统感染，可以使用抗生素如阿奇霉素、头孢克肟和氟哌酸等进行治疗。
针对精子畸形率高的问题，建议在日常生活中保持良好的生活习惯，避免不良刺激。如症状持续，应及时就医，在医生指导下进行综合治疗。