甲状腺囊肿一般不会自愈。甲状腺囊肿是指甲状腺内形成的液体或半固体囊性结构，大多数情况下囊肿内含有液体。囊肿的形成可能与甲状腺炎症、甲状腺功能异常、碘摄入不足等因素有关。甲状腺囊肿的自愈可能性较低，大多数情况下需要通过治疗来解决。
治疗甲状腺囊肿的方法包括药物治疗、穿刺抽液、手术治疗等。药物治疗主要是针对甲状腺功能异常引起的囊肿，如甲状腺功能亢进时可使用丙硫氧嘧啶、甲巯咪唑等药物；甲状腺功能减退时可使用左甲状腺素钠。穿刺抽液是将囊肿内的液体抽出，减轻压迫症状。手术治疗适用于囊肿较大、压迫症状明显或者囊肿性质不明等情况。无论采取哪种治疗方法，都应在医生指导下进行，遵医嘱用药。
对于甲状腺囊肿患者，建议定期复查，监测囊肿的大小和性质变化，及时采取相应的治疗措施。