巧克力囊肿通常不会发生癌变。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，其内含有陈旧性血液，颜色类似巧克力，因此得名。这种病变一般不会转化为恶性肿瘤，但可能会引起疼痛、月经不规律等症状。
巧克力囊肿的治疗需要根据病情的严重程度和患者的生育计划来决定。轻度的巧克力囊肿可能不需要特殊治疗，而中重度的巧克力囊肿可能需要药物治疗或手术治疗。常用的药物包括孕激素类药物和促性腺激素释放激素类似物等，这些药物可以帮助调节激素水平，减轻症状，但应在医生指导下使用，以避免潜在的副作用。
对于巧克力囊肿患者，重要的是定期进行妇科检查，监测病情变化，并遵循医生的建议进行治疗。如果症状加重或出现新的症状，应及时就医。