卵圆孔封堵术通常是一种相对安全的手术，但任何手术都可能存在一定的风险和后遗症。术后可能会出现轻微的不适，如短暂的胸痛或轻微的头痛。较为罕见的后遗症包括心包积液、心律失常等，这些情况通常需要医疗干预。在极少数情况下，可能会发生封堵器移位或血栓形成，这需要紧急处理。
对于卵圆孔封堵术后的患者来说，日常生活中应遵循医嘱，保持良好的生活习惯，定期进行心脏检查以监测手术效果和潜在的并发症。如果术后出现任何异常症状，如持续的胸痛、呼吸困难或晕厥，应立即就医。在用药方面，患者应在医生指导下使用任何药物，不可自行盲目用药，以免影响手术效果或造成其他健康问题。