宝宝发烧时肚子疼可能是消化不良、胃肠炎或泌尿系统感染等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 消化不良宝宝消化系统尚未完全发育，饮食不当或进食过量可能导致消化不良，引发肚子疼。此时可使用多潘立酮、蒙脱石散和健胃消食片等药物缓解症状，应在医生指导下用药。
2. 胃肠炎宝宝胃肠炎可能由病毒或细菌感染引起，表现为发烧、腹泻和腹痛。治疗时可使用头孢克肟、黄连素等抗生素，同时补充电解质和水分，遵医嘱用药。
3. 泌尿系统感染泌尿系统感染可能引起发烧和腹痛，常见于女孩。治疗时可使用阿莫西林、头孢拉定等抗生素，同时多饮水，遵医嘱用药。
除以上原因外，宝宝肚子疼还可能与过敏、外伤等因素有关。平时要注意饮食卫生，避免进食生冷刺激性食物，出现症状及时就医。