HPV39高危型病毒一般不会自愈。HPV39属于高危型人乳头瘤病毒，与宫颈癌等恶性肿瘤的发生有关。感染后，人体免疫系统可能无法完全清除病毒，导致病毒持续存在。
HPV39感染后，部分人可能无症状，但也有可能出现宫颈病变等。目前没有特效药能直接清除人乳头瘤病毒，治疗主要针对病毒感染引起的病变。常用的药物有干扰素、白介素、卡介苗等，应在医生指导下使用，以增强免疫力，抑制病毒复制，控制病变发展。
感染HPV39后，建议定期进行宫颈筛查，密切关注病情变化。如有异常应及时就医，遵医嘱规范治疗，以降低病变风险。