低聚果糖通常被认为是一种安全的益生元，一般不会产生严重的副作用。然而，部分人在摄入后可能会出现轻微的消化不适，如腹胀、腹泻或腹痛等。
低聚果糖作为一种膳食纤维，其主要作用是促进肠道内有益菌群的生长，改善肠道功能。大多数人可以安全地摄入低聚果糖，但个别人可能会因为肠道反应而感到不适。这些症状通常是轻微的，并且随着身体适应而逐渐减轻。需要注意的是，过量摄入任何类型的膳食纤维都可能导致消化不良。
对于低聚果糖的摄入，建议遵循适量原则，并注意个人的身体反应。如果出现不适症状，应减少摄入量或咨询医生。在医生指导下调整饮食和营养补充剂的摄入是明智的做法，以确保健康和安全。