咽喉会厌囊肿一般不会自己消失。会厌囊肿是发生在会厌部的良性肿瘤，大多数情况下需要通过手术来切除。囊肿的大小和症状可能会随着时间的推移而加重，影响正常的吞咽、呼吸功能。
会厌囊肿的治疗通常需要手术切除，药物治疗效果有限。常用的药物包括抗生素如阿莫西林、头孢克肟等，用于控制感染；糖皮质激素如强的松、地塞米松等，用于缓解炎症；抗组胺药如盐酸西替利嗪、氯雷他定等，用于缓解过敏症状。但这些药物只能缓解症状，不能根治囊肿，应在医生指导下合理用药。
咽喉会厌囊肿患者应及时就医，遵医嘱进行手术治疗，以免病情加重。